Jego kadra w pierwszej rundzie zanotowała dwa zwycięstwa, remis i porażkę – zdołała z drugiego miejsca awansować do rundy finałowej, lecz tam z bilansem trzech porażek w trzech meczach zajęła czwartą, ostatnią lokatę, przez co nie zakwalifikowała się na Mistrzostwa Świata U-17 w Peru.
W seniorskiej reprezentacji Kolumbii Mejía zadebiutował za kadencji argentyńskiego selekcjonera José Pekermana, 3 czerwca 2012 w wygranym 1:0 meczu z Peru w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata 2014. Ogółem podczas tych kwalifikacji, udanych ostatecznie dla jego drużyny narodowej, pięciokrotnie pojawiał się na boisku, nie zdobywając gola. W 2014 roku został powołany na Mistrzostwa Świata w Brazylii, gdzie pełnił rolę rezerwowego zawodnika swojego zespołu; wystąpił wówczas w czterech z pięciu możliwych spotkań, lecz tylko w jednym w wyjściowym składzie – w fazie grupowej z Grecją (3:0), WKS (2:1) oraz Japonią (4:1) i w 1/8 finału z Urugwajem (2:0). Kolumbijczycy odpadli natomiast z mundialu w ćwierćfinale, przegrywając w nim z gospodarzami – Brazylią (1:2).