Ejō stał się odpowiedzialny za codzienne sprawy klasztoru, praktykę i religijne życie mnichów.
Ejō towarzyszył Dōgenowi w podróży do Kamakury, stolicy militarnego reżimu, w roku 1247. Po półrocznym pobycie w tym mieście powrócili do Eihei-ji.
Jesienią 1252 zdrowie Dōgena pogorszyło się. Z jego pożegnalnych rozmów Ejō ułożył ostatni rozdział Shōbōgenzō nazwany "Hachidainingaku" (Osiem cnót, które powinien osiągnąć bodhisattwa). 8 lipca 1253 roku Dōgen przekazał zarządzanie Eihei-ji Tettsū Gikaiowi. 14 lipca formalnie przekazał następstwo dla Ejō wraz z szatą, którą kiedyś sobie sam uszył. 5 sierpnia na ponawiane zaproszenie Hatano Yoshishigeko opuścił Eihei-ji i udał się do Kioto, gdzie kilka dni po przybyciu zmarł 28 sierpnia 1253Heinrich Dumoulin. Zen Buddhism: History, Japan. Str. 130.
Ejō poświęcił się pogrzebowi mistrza. Następnie wybudował stupę w okolicy Eihei-ji.
Opat Eihei-ji Ostatni okres życia Ejō można podzielić na trzy fazy. Pierwsza faza wyznacza prowadzenie przez niego klasztoru Eihei (1253-1267). Faza druga, to pięcioletni okres jego odosobnienia (1267-1272). Trzecia faza, to okres, gdy powrócił jako dyrektor kompleksu klasztornego Eihei (1272-1280).