W latach 2002–2007 uczył się w seminarium duchownym przy monasterze św. Mikołaja na Ugrieszy. Jako słuchacz szkoły kierował jej pracownią komputerową, śpiewał w chórze seminaryjnym i był jego regentem. Od 2004 współpracował także z wydziałem wydawniczym monasteru, brał udział w wydaniu jego Synodyku i kroniki XX-wiecznej historii klasztoru. W 2006 został w monasterze posłusznikiem i stanął na czele wydziału wydawniczego, a następnie także redaktorem naczelnym klasztornych wydawnictw periodycznych i wykładowcą klasztornego seminarium, którym był do 2008.
Wieczyste śluby mnisze złożył 17 marca 2007 przed namiestnikiem klasztoru, biskupem lubierieckim Beniaminem, przyjmując imię zakonne Nestor na cześć świętego mnicha Nestora Kronikarza. 5 kwietnia 2007 ten sam hierarcha wyświęcił go na hierodiakona. Od 2009 do 2010 był osobistym sekretarzem biskupa Beniamina, zaś w styczniu 2010 podjął pracę w kolegium redakcyjnym pisma „Penzienskije jeparchialnyje wiedomosti”. W tym samym roku przeszedł do służby duszpasterskiej w eparchii penzeńskiej, gdzie zamieszkał w placówce filialnej monasteru Kazańskiej Ikony Matki Bożej w Norowce, przemianowanej następnie na samodzielny monaster Przemienienia Pańskiego.