W 1280 roku Gikai powrócił do Eihei-ji, aby opiekować się umierającym Kounem Ejō. Na 9 dni przed swoją śmiercią Ejō wręczył Gikaiowi szatę, którą otrzymał od Dōgena. Było to symboliczne potwierdzenie wielkiego autorytetu religijnego Gikaia. Gikai opisał to później jako dowód, iż był on najważniejszym uczniem Ejō. Poprowadził również ceremonię pogrzebową mistrza Ejō i przez kolejne siedem lat kierował ceremoniami wspomnieniowymi po swoim nauczycielu.
Gikai powtórnie został opatem klasztoru i do nowego, gwałtownego sprzeciwu doszło w roku 1281. W tym to roku Japonia została zagrożona inwazją mongolskiej armii i floty Kubilaj-chana. Władze Japonii zwróciły się do wszystkich klasztorów buddyjskich o przeprowadzenie rytuałów ochraniających państwo. Gikai wykorzystał to do wprowadzenia rytuałów szkoły shingon do liturgii szkoły sōtō. Nie widząc w tym niczego niewłaściwego, Gikai spodziewał się nawet, że spowoduje wzrost popularności szkoły wśród wyznawców buddyzmu. Opozycja wobec jego decyzji rosła. Część mnichów szukała wsparcia u innego spadkobiercy Ejō – Jakuena. Sytuacja stawała się coraz bardziej napięta, aby więc nie doprowadzić do jej zaognienia, Hatano Tokimitsu zagroził nawet wycofaniem swojego finansowego wsparcia klasztoruWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan, s. 63.