Topiramat jest związany ze istotnym statystycznie zwiększeniem liczby samobójstw oraz „myśli lub czynności samobójczych”, które są opisywane jako jeden z możliwych efektów ubocznych stosowania leku „u bardzo małej liczby osób, około 1 na 500”„Topomax side effects”: https://web.archive.org/web/20110128083201/http://www.topamax.com/how-topamax-may-help--what-to-expect.html (retrieved Jan 6 2011)' „Migraine prevention medicine: Topomax”: http://www.topamax.com/ (retrieved Jan 6 2011); NIH Pubmed Health, „Topiramate”: https://www.nlm.nih.gov/medlineplus/druginfo/meds/a697012.html (dostęp 2016-03-30)..
Stosowanie w ciąży i podczas karmienia piersią Wstępne badania sugerują, że podobnie jak w przypadku kilku innych leków przeciwpadaczkowych, topiramat powoduje zwiększone ryzyko wad wrodzonych. Fakt ten może mieć szczególne znaczenie dla kobiet stosujących topiramat w prewencji migreny. W marcu 2011 roku FDA przekazało informację pracownikom służby zdrowia i pacjentom o zmianie kategorii leku na D w związku ze zwiększonym ryzykiem rozwoju rozszczepu wargi i/lub rozszczepu podniebienia (rozszczepów jamy ustnej) u dzieci kobiet przyjmujących Topamax (topiramat) w trakcie ciąży. Nie stosować leku w okresie karmienia piersią.