Lęgi Dziwogon komorski to monogamiczny i wysoce terytorialny gatunek. W okresie lęgowym dużo czasu spędza na czynnościach związanych z ochroną terytorium – na śpiewie i aktywnej obronie. Agresywny. Atakuje i przegania zarówno zwierzęta dzienne, jak i nocne. Przepędza nawet inne dziwogony, większe ptaki jak krogulec malgaski (Accipiter francesiae), płomykówki (Tyto alba) oraz inne zwierzęta, np. lemurie płowe (Eulemur fulvus), wprowadzone drapieżniki jak wiwerka malajska (Viverricula indica) oraz obserwujących ludzi.
Gniazdo to starannie wykonany kubeczek z włókien roślinnych grubości 2–3 mm w zewnętrznej warstwie gniazda, około 1 mm w wewnętrznej. Umieszczone jest w rozwidleniu gałęzi, zwykle grubej na 2–3 cm, około 5–18 m nad ziemią. Dziwogon komorski buduje gniazda w koronach różnych drzew, są to m.in. Grisollea myrianthea (Stemonuraceae), Pterocarpus indicus (bobowate) i spatodea dzwonkowata (Spathodea campanulata).