W wyniku tego, 2 stycznia 2003 przejęła wraz z obsadą etatową pod ochronę odcinek, po rozformowanej strażnicy SG w ZebrzydowicachZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 13.12.2002 zmieniające zarządzenie w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk. W wyniku przeprowadzonej reorganizacji we wszystkich oddziałach SG 62 strażnice zostały włączone w struktury gpk..
15 sierpnia 2005 GPK SG w Zebrzydowicach przejęła część odcinka granicy państwowej wraz z obsadą etatową po rozwiązanej Strażnicy SG w Godowie.