W pierwszych latach reformacji zmalała liczba franciszkanów, a także wielkość ofiar składanych przez wiernych. W 1532 r. klasztor palił się w 11 miejscach. W 1536 r. pożar na ulicy Szkolnej uszkodził też klasztor. W 1543 r. franciszkanie postanowili opuścić klasztor. Gwardian Benedykt, Kacper starszy, Mikołaj Wagner, Andrzej Bohem i Paweł Converjus przekazali klasztor radzie miejskiej z przeznaczeniem na szkołę. Syndyk Krzysztof Reussner uzyskał na to zgodę biskupa Baltazara von Promnitz. Dokument ten nie zachował się. W innym piśmie z 03.09.1561 r. biskup Baltazar zgadzał się na przeznaczenie klasztoru na szkołę pod warunkami, że kościół nie będzie wykorzystywany do innych celów niż służba boża oraz że klasztor ma być zwrócony, gdyby w przyszłości franciszkanie zdecydowali się powrócić do miasta. Do 1561 r. kościół stał pusty. Później po remoncie został świątynią ewangelicką. W dzień św. Michała 1562 r. Kasper Radecker wygłosił pierwsze kazanie i od tego czasu odprawiano tam cotygodniowe nabożeństwa. W 1562 r. rada miejska przeniosła szkołę w pobliże kościoła parafialnego, a w klasztorze chciała umieścić szpital. Rada uzyskała nawet na to zgodę biskupa, ale nie doszło to do skutku z powodu epidemii w latach 1567-1568. W budynku klasztoru mieszkali dzwonnik i kantor.