Formuła 3 W 2016 roku Brytyjczyk wystartował w kończącej sezon rundzie na torze Hockenheimring. Reprezentując ekipę Carlin, Hughes zajął czwartą i trzecią pozycję. Dzięki zdobytym punktom sezon zakończył na 16. miejscu. Na koniec sezonu wystartował także w Grand Prix Makau, w którym dojechał na 6. pozycji.
Seria GP3 W roku 2016 Jake awansował do serii GP3 reprezentował barwy debiutującego, aczkolwiek uznanego zespołu DAMS. Hughes już w pierwszej sesji kwalifikacyjnej był najszybszy, natomiast wyścig przegrał jedynie z późniejszym mistrzem, Monakijczykiem Charles’em Leclerkiem. W dalszej fazie sezonu nie zdobywał regularnie punktów, jednak był zdolny do zajęcia jeszcze trzykrotnie miejsca na podium, w tym dwóch zwycięstw w sprintach – sukces odniósł na torze Hockenheimring oraz w Abu Zabi. Dzięki triumfowi w ostatnim wyścigu sezonu zdołał zakończyć sezon na 8. miejscu.