Inną cechą domeny katalitycznej PKC, której nie sposób pominąć jest jej aktywność w zależności od fosforylacji. Konwencjonalne i nowe PKC posiadają trzy miejsca fosforylacji (pętla aktywacji, motyw zwrotu, motyw hydrofobowy). Atypowe PKC są fosforylowane tylko w pętli aktywacji i motywie zwrotu. Fosforylacja motywu hydrofobowego stała się zbędna przy obecności kwasu glutaminowego w miejscu seryny, który jako naładowany ujemnie wywołuje podobny efekt jak reszta fosforanowa. Fosforylacje wpływają na aktywność enzymatyczną enzymu. 3-fosfatydyloinozytydozależna kinaza białkowa 1 jest kinazą poprzedzającą w kaskadzie inicjującej proces transfosforylacji pętli aktywacyjnej.
Sekwencja konsensusowa kinazy białkowej C jest podobna do tej występującej w kinazie białkowej A (PKA), ponieważ podstawowe aminokwasy występują blisko Ser/Thr i mogą być fosforylowane. Ich substratami są, np. białka MARCKS, kinaza MAP, inhibitor czynnika transkrypcyjnego IκB, receptor dla witaminy D3 (VDR), kinaza Raf, kalpainy i receptor czynnika wzrostu naskórka.