Zmarł w Waszyngtonie 7 września 1969 w budynku Senatu.
Prawa obywatelskie Everett Dirksen jako senator dał poznać się jako zagorzały zwolennik praw obywatelskich, głosując za każdą próbą ich rozszerzeniahttps://www.govinfo.gov/content/pkg/GPO-CRECB-1957-pt10/pdf/GPO-CRECB-1957-pt10-9-1.pdfhttps://www.govinfo.gov/content/pkg/GPO-CRECB-1960-pt6/pdf/GPO-CRECB-1960-pt6-8-1.pdfhttps://www.govinfo.gov/content/pkg/GPO-CRECB-1964-pt11/pdf/GPO-CRECB-1964-pt11-3-2.pdfhttps://www.govinfo.gov/content/pkg/GPO-CRECB-1968-pt5/pdf/GPO-CRECB-1968-pt5-4-2.pdf czy za nominacją czarnoskórego Thurgooda Marshalla do Sądu Najwyższegohttps://www.govinfo.gov/content/pkg/GPO-CRECB-1967-pt18/pdf/GPO-CRECB-1967-pt18-7-2.pdf.
W 1964, południowi Demokraci zablokowali w Senacie projekt ustawy o prawach obywatelskich. Dirksen, wraz z innym republikaninem, Thomasem Kuchelem oraz demokratami, przyszłym wiceprezydentem Hubertem Humphreyem i Mikiem Mansfildem, po spotkaniach z prezydentem Johnsonem, kluczowym zwolennikiem ustawy, zgłosili do dokumentu poprawki, dzięki którym w Senacie zawiązała się koalicja Republikanów i północnych Demokratów. Poparcie Dirksena doprowadziło, że przełomowa ustawa o prawach obywatelskich została uchwalona przez Senat i podpisana przez prezydenta, kończąc okres formalnej segregacji rasowej w USA.