Rozród Sezon rozrodczy przypada na wrzesień–styczeń (głównie październik–listopad) w zależności od kolonii. Zwykle kolonię tworzy od 3 do 30 par, ale na półwyspach Courbet i Jeanne d′Arc zanotowano kolonie liczące około 400 par. Czasami gniazdują w pobliżu kolonii pingwinów. Gniazdo w kształcie ściętego stożka zbudowane jest z wodorostów i trawy, oblepionych błotem lub odchodami znajduje się na półkach lub w szczelinach skalnych. Jeśli gniazdo nie zostanie zniszczone, może być użyte w następnym sezonie rozrodczym. Samica składa 2–4 jaja o wymiarach 6,8–3,9 cm. Inkubacja trwa prawdopodobnie 29–30 dni. Pisklęta wykluwają się nieopierzone. Brak innych informacji.
Choroby i pasożyty U kormorana kergueleńskiego zarejestrowano występowanie nicieni z gatunku Contracaecum rudolphii i Ingliseria cirrohamata oraz rodzaju Contracaecum. Stwierdzono również występowanie tasiemca z rodzaju Tetrabothrius. U gatunku L. atriceps stwierdzono wszoły: Piagetiella caputincisa i Pectinopygus turbinatus.