Po upadku rodu Hōjō w konflikcie z cesarzem Go-Daigo w 1333 roku, cesarz wezwał Musō do stolicy, na co mistrz się zgodził. Jako wyraz wdzięczności cesarz pozwolił mu wybudować nowy klasztor Rinsen, w którym Musō miał zamieszkać. Wkrótce potem po raz drugi został wybrany opatem Nanzen-ji. Ponieważ sytuacja polityczna była bardzo niestabilna, Musō zaczął faworyzować ród Ashikagów, a przed wybuchem konfliktu tego rodu z cesarzem, opuścił Nanzen-ji i przeniósł się do Rinsen-jiWkrótce cesarz udał się do Yoshino na południu i dynastia rozbiła się na linie południową i północną. W 1338 roku Takauji Ashikaga został wyznaczony na stanowisko sioguna przez cesarza z dynastii północnej Kōmyō (光明; pan. 1336-1348).
Budowa Tenryū-ji Rok 1339 wyznacza nowy okres w życiu mistrza. Latem został wyznaczony do zreformowania dość krnąbrnego klasztoru Saihō, który był wtedy związany ze szkołą Jōdo. Musō zamienił go w miejsce praktyki zen oraz wybudował Ogród Mchu, który dał temu klasztorowi jego popularną nazwę Koke-dera (Świątynia Mchu). Jeszcze przed opuszczeniem Rinsen-ji Musō napisał dwa teksty o dyscyplinie klasztornej Rinsen kakun (dla Rinsen-ji) i San’e-in yuikai (dla San’e-in). W 1345 roku napisał Saihō yuikai zawierające dyrektywy dla ciągle rozrastającej się społeczności jego uczniówHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str.