W sezonie drugim eksplorowane są losy kolejnych klonów. Pojawia się Jennifer, która umiera na tę samą chorobę okładu oddechowego, na którą cierpią Katja i Cosima. W odcinku ósmym pojawia się Tony, klon-transseksualista. W finale sezonu po raz pierwszy pojawia się Charlotte, ośmioletni klon z wadą kończyny dolnej. Pojawia się ponadto informacja, że istniał także bliźniaczy projekt odpowiedzialny był za stworzenie męskich klonów, prowadzony przez wojsko, nazwany Projekt CASTOR. Pojawiają się takie klony jak Mark, Rudy, Miller czy Seth. Wszystkie klony z tego projektu są świadome swego pochodzenia i były wychowywane razem w wojskowym otoczeniu.
W trzecim sezonie pojawiają się kolejne klony z projektu CASTOR – klon o imieniu Parsons, który jest ofiarą nieludzkiego eksperymentu na mózgu. Sarah odkrywa także nieudaną próbę klonowania ze skradzionych próbek – klon o imieniu Abel zmarł w niemowlęctwie. W pierwszym odcinku sezonu trzeciego zostało wyjawione, że w 2006 roku sześć świadomych swego istnienia klonów z projektu LEDA zostało zlikwidowanych w rejonie Helsinek. Pojawia się także nieświadomy niczego klon o imieniu Krystal Goderitch, która pracuje jako manikiurzystka. W ósmym odcinku zostaje wspomniany klon z Polski, który również umarł na chorobę układu oddechowego.