Kanonierka „Pikker” została przebazowana do Sewastopola, gdzie służyła jako jacht dla przywódców ZSRR, a następnie, do 1972 roku, jako okręt badawczy Uniwersytetu Moskiewskiego, zaś okręt podwodny „Lembit” przetrwał cały okres sowieckiej okupacji.
Po odzyskaniu niepodległości Ogłoszenie niepodległości przez Estonię nie zakończyło obecności Floty Bałtyckiej – baza morska w Tallinnie była zajmowana przez siły rosyjskie do 31 sierpnia 1994 roku. Pierwszym okrętem w niepodległej Estonii, na którym podniesiono narodową banderę był „Lembit”. Stało się to 27 kwietnia 1992 roku, ponad 55 lat po jego wodowaniu. Estończycy siłą zajęli okręt muzealny, obawiali się bowiem, że zostanie pocięty przez Rosjan i zezłomowany. Eesti Merevägi została formalnie reaktywowana 1 lipca 1993 roku. Poza okrętem muzealnym Eesti Merevägi nie posiadało żadnych jednostek, rozpoczęto więc starania o wykupienie niektórych okrętów Floty Bałtyckiej za pośrednictwem prywatnych firm. Wycofujący się Rosjanie nie byli jednak skłonni do dzielenia się z Estończykami – zatopili 10 jednostek oraz uszkodzili najważniejsze wyposażenie i systemy w porcie. Uszkodzony został też wykupiony kuter patrolowy „Grif”, który jednak udało się Estończykom wyremontować.