Miinilaevadivisjon Trzon Eesti Merevägi stanowi obecnie Miinilaevadivisjon – Dywizjon Okrętów Przeciwminowych powołany 15 maja 1997 roku. W jego skład wchodzą 3 niszczyciele min typu Sandown oraz tender nurków „Tasuja”, zabezpieczający działania Tuukrigrupi – Grupy Nurków-Minerów. Zadaniem dywizjonu jest przede wszystkim oczyszczenie terytorialnych wód Estonii z min postawionych w czasie dwóch wojen światowych (ocenia się, że ponad min zostało postawionych na Bałtyku). Od początku swojej działalności marynarka wojenna usunęła około 850 min. Dywizjon Okrętów Przeciwminowych współpracuje aktywnie z NATO w ramach Standing NATO Mine Countermeasures Group 1. Dwa okręty dywizjonu pełniły w zespole funkcję jednostki flagowej – „Admiral Pitka” od maja 2005 do marca 2006 oraz „Tasuja” od czerwca 2011 do grudnia 2011.
Szkolenie Marynarze i oficerowie Eesti Merevägi szkolili się za granicą, między innymi w Wielkiej Brytanii, Niemczech, Danii, Szwecji i Finlandii. W 2003 roku otwarto w Tallinnie Centrum Szkolenia Morskiego w celu szkolenia podoficerów. W Tallinnie znajduje się również Bałtycka Morska Szkoła Łączności, kształcąca studentów z trzech państw bałtyckich. W zamian estońscy nurkowie szkoleni są w Lipawie, w Centrum Szkolenia Nurków.