W 1982, oraz w 1993 roku Kościół katolicki w Beninie odwiedził papież Jan Paweł II.
Według danych Watykanu z 2015 roku, Kościół katolicki w Beninie liczył blisko 3,5 mln ochrzczonych (32,7% populacji).
Protestantyzm thumb|250px|Świątynia Zborów Bożych w Kotonu thumb|250px|Meczet w Parakou.
Wśród wyznań protestanckich przeważają zielonoświątkowcy i metodyści. Mniejsze społeczności mają także baptyści i adwentyści dnia siódmego.
W XIX wieku przybył do Beninu pierwszy misjonarz protestancki Thomas Birch Freeman, który zasadził metodyzm. Pierwszy kościół protestancki został założony w 1843 roku w miasteczku Abomey. Metodyści rozpoczęli misje wśród plemion Fon i Gun.
Zbory Boże rozpoczęły pracę misyjną w 1938 roku wśród plemion Somba i Pilapila. Obecnie są największą zielonoświątkową i protestancką denominacją z liczbą wiernych szacowaną na 362 tysiące.
W dniach 5-9 grudnia 2012 roku ewangelista Reinhard Bonnke przeprowadził krucjatę ewangelizacyjną w mieście Cotonou, w której brało udział setki tysięcy ludzi.