W Stebniku prowadził wiercenia, które doprowadziły do odkrycia nowych pokładów soli potasowej. W uznaniu znaczenia prowadzonych badań Akademia Umiejętności zaprosiła Edwarda Windakiewicza w 1904 do współpracy z Wydziałem Fizjograficznym. Na początku 1905 powrócił na krótko do Wieliczki, jesienią tego samego roku został powołany na stanowisko radcy górniczego w departamencie salinarnym Ministerstwa Skarbu w Wiedniu. W uznaniu wiedzy i zaangażowania został awansowany na starszego radcę górniczego w inspektoracie kopalń i hut małopolskich w Ministerstwie Robót Publicznych i pracował na tym stanowisku do zakończenia I wojny światowej. Następnie pozostał w Wiedniu i uczestniczył w pracach wydziału górniczego Polskiej Komisji Likwidacyjnej. Na początku 1920 przyjechał do Krakowa i objął oczekujące na niego stanowisko starszego radcy w Starostwie Górniczym. Dwa lata później dostał propozycję od rektora Akademii Górniczej Antoniego Hoborskiego, aby prowadzić wykłady z „halurgii i przemysłu solnego”. Po zwolnieniu się z pracy w Starostwie w 1924 poświęcił się całkowicie pracy na uczelni oraz pracy naukowej. Opracował zebrane materiały oraz przelał na papier posiadaną wiedzę, co zaowocowało pięciotomową pracą pt. „Solnictwo” (do 1930 ukazały się cztery tomy, piąty pt.