Obrona przyczółka Buna-Gona opierała się na trzech rejonach umocnionych: najdalej na północ wysunięty był odcinek od przylądka Wye po misję w Gona (dowódca mjr Tsume Yamamoto). W centrum, wokół przylądka Sanananda, powstały umocnienia, których przedłużeniem były stanowiska ogniowe na szlaku wiodącym z wioski Soputa (dowódca płk Yosuke Yokoyama, który był jednocześnie dowódcą całości). Trzecie i największe fortyfikacje rozciągały się od półwyspu Endaiadere w pobliżu plantacji Duropa aż do wioski Buna. Obejmowały misyjne i rządowe zabudowania w Bunie oraz lotnisko, które zostało przez Japończyków rozbudowane, a pas startowy przedłużony (dowódcą obrony odcinka był kpt. Yoshitatsu Yasuda). Cały front obrony japońskiej miał niecałe 10 km długości i zaledwie 1200 m głębokości. Rejony umocnione były wprawdzie odseparowane od siebie, lecz łączność między nimi i liniami zaopatrzenia była – przynajmniej na początku – dobra. Początkowo Japończycy utrzymywali kontakt nawet z Rabaulem, skąd otrzymywali zaopatrzenie i uzupełnienia oraz gdzie odsyłali, na pokładach jednostek nawodnych, a pod koniec już tylko podwodnych, swoich rannych. Alianci potrzebowali aż dwóch miesięcy, by ostatecznie przeciąć tę linię komunikacji.