Z powodu pozytywnego wyniku badań antydopingowych został pozbawiony tytułu mistrzowskiego, ukarano go karą finansową w wysokości 2500 $ oraz zawieszono na rok (później skrócono mu zawieszenie do sześciu miesięcy) w stanie Kalifornia przez tamtejszą komisję.
Na początku 2008 roku zorganizowano pojedynek o zwakowany pas po Sherku który zdobył B.J. Penn. Wraz z końcem zawieszenia, zestawiono Sherka z nowym mistrzem. Sherk nie poradził sobie z Hawajczykiem po dłuższej przerwie od MMA który zafundował mu techniczny nokaut (latające kolano i ciosy pięściami). Od 2008 do 2010 stoczył tylko trzy pojedynki, dwa zwycięskie z Tysonem Griffinem i Evanem Dunhamem oraz jeden przegrany z Frankim Edgarem. Głównym powodem tak rzadkich startów były kontuzję które trapiły Amerykanina, przez nie stracił pojedynki m.in. z Gleisonem Tibau, Jimim Millerem czy Clayem Guidą. Sherk planował wrócić w 2011 roku lecz ponownie kontuzję dały o sobie znać. Rehabilitację przez następne lata nie dawały zadowalających efektów więc został zmuszony zawiesić karierę zawodniczą.