Plan architektoniczny Plan architektoniczny klasztoru był wzorowany na konstrukcjach chińskich klasztorów Tiantongshan. Odbiegał jednak w kilku detalach od oryginału. Klasztor zaprojektowany był wzdłuż osi północ-południe. Wejście wiedzie poprzez sanmon (Bramę Trzech Wyzwoleń), która symbolizuje oczyszczenie z pożądań i myślenia pojęciowego, i wkroczenie w krainę „pustki”. Stamtąd droga prowadzi do leżącego na osi budynku Buddy (jap. butsuden). Ponieważ wszelkie rytuały związane z Buddą musiało poprzedzać oczyszczenie, na lewo i prawo od osi, za bramą, a przed budynkiem Buddy znajdowały się latryna (jap. tōsu) i łaźnia (jap. yokushitsu). Na lewo i na prawo od osi klasztoru, za budynkiem Buddy znajdowały się budynek mnichów (jap. sōdō) i kuchnia (jap. kuri). Budynek mnichów służył do medytacji. Następnym (trzecim) budynkiem leżącym na osi był budynek Dharmy (jap. hattō), w którym oświecony mnich wygłaszał wykłady poświęcone sutrom. Było to centrum całego kompleksu.
W Tōfuku-ji rozkład budynków związany jest z ludzką anatomią.