177..
W czasie wojen okresu Muromachi (1333-1573) klasztor został spalony, dlatego wszystkie jego budynki pochodzą z późniejszego okresu, głównie z XVII wieku.
W 1605 roku opatem klasztoru został mnich Ishin Sūden (1569–1633). Gdy reżim Tokugawy zaczął podporządkowywać sobie buddyzm oraz nakazał ludziom rejestrować się w danej świątyni czy klasztorze, to właśnie w Nanzen-ji przeprowadzono rejestrację klasztorów i świątyń oraz buddyjskich mnichów ze wszystkich innych szkół i tradycji buddyjskich. Ieyasu Tokugawa wyznaczył Sūdena na swojego doradcę. Sūden został wybrany także na zarządcę wszystkich buddyjskich instytucji. On także sformułował dekret z 27 stycznia 1614 roku przeciwko chrześcijanomHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 273.. Był on także głównym antagonistą mistrza zen Takuana Sōhō.
W 1611 roku przeniesiono z pałacu cesarskiego Seiryōden, który pod nazwą Ōhōjō (Wielka Kwatera Opata) stał się mieszkaniem opata klasztoru. W 1628 roku wybudowano nową bramę główną (jap. Sanmon), w miejscu spalonej poprzedniej bramy.