Pomyślny okres działalności rozpoczął się jednak dopiero wraz z wyborem na przeora Konwentu (1891 r.) br. Laetusa Bernatka – Morawianina z pochodzenia, farmaceuty z wykształcenia. Nowy przeor pomimo wielu przeciwności losu postanowił wybudować nowy szpital. Okazją do realizacji tego zamysłu stał się jubileusz 50-lecia panowania cesarza Franciszka Józefa. Zwołana w marcu 1897 roku, w Wiedniu kapituła prowincji austriacko-czeskiej zaakceptowała pomysł L. Bernatka dotyczący wybudowania nowego szpitala w Krakowie, przy ulicy Trynitarskiej. Autorem projektu szpitala był znany architekt, profesor Krakowskiej Wyższej Szkoły Techniczno-Przemysłowej, Teodor Talowski.
Całkowity koszt budowy nowego szpitala wyniósł 450 tys. koron, z czego 369,6 tys. pochodziło ze składek społeczeństwa. W 1898 roku wbudowano kamień węgielny, a uroczyste otwarcie i poświęcenie Szpitala przez ks. kardynała Jana Duklana Puzynę odbyło się 7 października 1906 roku.