W 1447 roku otworzono publiczny szpital dla podróżujących przez Brenner.
W czasie wojen napoleońskich miejscowość przyłączyła się do powstania kierowanego przez Andreasa Hofera.
Gmina straciła na znaczeniu w związku z budową linii kolejowej przez Brenner.
w 1914 roku wybuchł wielki pożar, który pochłonął znaczną część zabudowań. W czasie II wojny światowej Matrei było jedyną miejscowością w Tyrolu poddaną ciężkim bombardowaniom przez samoloty alianckie, których celem było unieruchomienie linii kolejowej biegnącej przez Brenner. Bombardowanie w dniu 22 marca 1945 spowodowało śmierć 48 mieszkańców; ponadto wiele osób odniosło rany.
Obecnie Matrei am Brenner jest niewielką, nieco senną tyrolską gminą, często nie zauważaną nawet przez turystów jadących omijającą go autostradą biegnącą przez Brenner. Warte jest jednak zwiedzenia ze względu na piękną, historyczną zabudowę w stylu tyrolskim.
Demografia Gmina targowa Matrei am Brenner, jak również cała dolina rzeki Sill od czasów wczesnośredniowiecznych zamieszkałe są przez Tyrolczyków posługujących się dialektem tyrolskim języka niemieckiego. W XIX wieku liczba ludności gminy wynosiła około 500 osób. W II połowie XX wieku liczba ta wzrosła do około 1000.