W cerkwi znajdowały się dwa ołtarze boczne, odpowiednio z ikoną patronalną i Galacką Ikoną Matki Bożej.
Do 1797 parafia w Narojkach pozostawała w strukturach unickiej diecezji włodzimiersko-brzeskiej. Następnie, do 1807, parafia w Narojkach należała do dekanatu drohiczyńskiego unickiej diecezji supraskiej, a po jej likwidacji znalazła się w unickiej diecezji wileńskiej, w dekanacie drohiczyńskim.
Na początku XIX w. do cerkwi uczęszczały 522 osoby. Do likwidacji unii na Podlasiu w Narojkach stale zdarzały się przypadki zmiany obrządku z unickiego na łaciński, na co wpływ miała działalność klasztoru pijarów w Drohiczynie. W 1834 świątynię zaliczono do najbiedniejszych cerkwi w diecezji wileńskiej.
Wyposażenie unickiej cerkwi w Narojkach w XVIII–XIX w. było silnie zlatynizowane, co odpowiadało ówczesnym tendencjom w rozwoju Kościoła unickiego, zgodnymi z wytycznymi synodu zamojskiego z 1720. Do zmiany tego stanu rzeczy przystąpił w latach 30. XIX w. konsystorz unickiej metropolii wileńskiej pod kierunkiem biskupa Józefa, przygotowując tym samym konwersję całej administratury na prawosławie. W 1836 do obiektu wstawiono nowy ikonostas (bez ikon), stół ofiarny (cs. żertwiennik) oraz ołtarz (cs. prestoł).