W prologu na krótko przejmuje kontrolę nad templariuszem Esquieu de Floyrakiem, będącym świadkiem śmierci Jacques’a de Molaya, zaś w wątku współczesnym w bezimiennego nowicjusza bractwa asasynów przeżywającego wspomnienia Arna.
W otwartym świecie gracz możne podjąć się wykonania szeregu zadań pobocznych, podzielonych na kilka rodzajów. W „Paryskich historiach” Arno pomaga bohaterom niezależnym – najczęściej postaciom historycznym – rozwiązać drobny problem; w „Tajemniczych morderstwach” współpracuje z Eugène’em-François Vidokiem badając miejsca zbrodni, gromadząc wskazówki i przesłuchując świadków, żeby wskazać winnego; „Zagadki Nostradamusa” to szereg zaszyfrowanych zagadek prowadzących do różnych artefaktów, które można wykorzystać, żeby zdobyć nagrody. Dodatkowo postać może zbierać liczne znajdujące się w Paryżu znajdźki, takie jak skrzynie ze skarbami, kotyliony i artefakty; odnalezienie odpowiedniej ich liczby nagradzane jest najczęściej nowymi elementami garderoby bądź barwnikami do nich.