Dorastał w domu zdominowanym przez dwie srogie, stare kobiety. Jedna była panią domu od strony dziadka ojca, a druga od strony dziadka matki. Obydwie pastwiły się nad jego matką, ale ta była zdeterminowana wychować syna tak, aby mógł, zgodnie z życzeniem jego umierającego ojca, zostać jedynym w swoim rodzaju na świecie.
Mushanokōji nie wiedział o ciągłych zmaganiach finansowych swojej matki. Oderwanie od przyziemnych spraw, czasem skutkujących finansową nieodpowiedzialnością było charakterystyczne dla jego późniejszego życia. Mushanokōji został wysłany do szkoły Gakushūin, w której uzyskał imponujące wyniki.
W roku 1903 dziewczyna o imieniu Tsuru, w której skrycie kochał się Saneatsu opuściła Tokio wraz z rodziną. W tym samym roku zaczął czytać Biblię i Tołstoja, co zaważyło na jego rozwoju. Przez kolegów z klasy nazywany był „Tołstojem”, próbował naśladować Rosjanina, nosząc najprostsze ubrania, nie używając piecyka w zimie i jedząc jeden posiłek na dzień.