W związku z amnestią ogłoszoną przez komunistów, 24 lutego 1947 roku Nowakowski wydał rozkaz informujący o zakończeniu działalności „Znicza”. Zachęcał pozostałych członków ROAK do skorzystania z amnestii. Sam ujawnił się 10 marca 1947 roku w PUBP w Mławie. Wraz z nim walkę zakończyła większość podległych mu sił partyzanckich batalionu „Znicz”. Walki nie zakończył tylko oddział Wacława Grabowskiego „Puszczyka”.
W sierpniu 1947 r. przybył do Szczytna i został zatrudniony w miejscowym gimnazjum i liceum, gdzie pracował jako nauczyciel (m.in. matematyki) oraz jako kierownik internatu, który samodzielnie założył. Jedna z jego uczennic, późniejsza szef prokuratury w Szczytnie, pisała we wspomnieniach:
W 1956 r. zrezygnował z dalszego nauczania w szkole, ponieważ był szykanowany przez funkcjonariuszy partii. Twierdzono, że jako były oficer AK oraz dowódca oddziałów partyzanckich ROAK nie może być wychowawcą młodzieży.