W późniejszym czasie raport został utrzymany w tajemnicy, po czym zaginął.
W 1952 Bissel wyjaśniał przed Komisją Katyńską Kongresu USA, że utajnił raport van Vlieta, by nie wywoływać napięć w stosunkach amerykańsko-radzieckich (dosł. widziałem w nim wielkie potencjalne źródło kłopotliwej sytuacji), ponieważ Stany Zjednoczone liczyły na udział ZSRR w wojnie z JaponiąJanusz Zawodny, The Katyn Forest Massacre: Morals in American Foreign Policy, [w:] The Minnesota Review, 1963, 3 (2), str. 228–236 (z uwagi na ówczesną sytuację Polska nie mogła wziąć udziału w wojnie przeciw Japonii, zaś Rosja tak). Ponadto generał wskazał na fakt, że w ówczesnym czasie była negocjowana treść Karty Narodów Zjednoczonych i według niego ujawnienie raportu oraz obciążenie nim ZSRR utrudniłoby uzyskanie konsensusu w tej sprawie.
W kwietniu 1950 ppłk van Vliet skierował list do Pentagonu, prosząc o informację, gdzie znajduje się jego raport z 1945, po czym otrzymał odpowiedź, że odnalezienie dokumentu nie jest możliwe. W 1950 poproszono go, by napisał nowy, drugi raportWładimir Abarinow, Oprawcy z Katynia, Kraków 2007 (), str. 223–224. Raport został odtworzony przez van Vlieta 11 maja 1950, oznaczony tym razem jako „tajny” i przekazany Komisji Katyńskiej Kongresu USA.