Po zakończeniu sezonu 2014/2015 do dwóch grup CLJ awansowało 8 drużyn (po 4 drużyny do każdej z grup), wyłonionych w wyniku meczów barażowych z udziałem mistrzów Lig Wojewódzkich w kategorii Junior Starszy. Losowanie par barażowych przeprowadził Departament Rozgrywek Krajowych PZPN. W sytuacji, kiedy klub uprawniony do udziału w meczach barażowych o awans do rozgrywek Centralnej Ligi Juniorów zrezygnował z udziału, w jego miejsce wystąpił klub zajmujący kolejne miejsce w tabeli Ligi Wojewódzkiej w kategorii Junior Starszy.
Mecze Centralnej Ligi Juniorów były rozgrywane na boiskach trawiastych lub na boiskach ze sztuczną nawierzchnią zweryfikowanych do IV ligi lub wyższej klasy rozgrywkowej. W czasie meczów Centralnej Ligi Juniorów każdy klub był zobowiązany do wystawiania co najmniej dwóch zawodników urodzonych w 1997 roku i później. W przypadku kontuzji młodszego piłkarza i braku możliwości zastąpienia go innym młodzieżowcem, drużyna musiała kontynuować grę w osłabieniu.