Czas i okoliczności powstania Rękopis został wykonany w latach 20. XVI wieku. Ważną datą dla określenia czasu powstania tekstu modlitewnika jest rok 1521, w którym zmarł papież Leon X. Jego imię wymieniono w formie inicjału L na jednej z kart rękopisu, w modlitwie za papieża (fol. 144r). Dla ustalenia czasu wykonania dekoracji malarskiej istotna jest data zapisana cyframi rzymskimi A° MDXXVII, która widnieje na jednej z miniatur (fol. 36v). Datowanie Godzinek królowej Bony zamyka się w okresie od około 1521 do 1527 roku, z możliwym przesunięciem zakończenia prac malarskich na rok 1528.
Osobę, dla której manuskrypt był przeznaczony, jednoznacznie identyfikuje dekoracja heraldyczna, występująca na 12 kartach rękopisu – rodowe herby Sforzów, Viscontich i neapolitańskich Aragonów (bocznej linii Trastamarów) oraz godła państwowe Królestwa Polskiego (Orzeł Biały) i Wielkiego Księstwa Litewskiego (Pogoń), ponadto osobista dewiza królowej Bony Cetera parvi i jej inicjały S B R P (łac. Serenissima Bona Regina Poloniae) oraz imię Bona wymienione są w jednej z modlitw.