18 lub 24 marca 1940 został zwolniony z zastrzeżeniem obowiązku trzykrotnego meldowania się na gestapo każdego dnia, które trwały do 10 listopada 1940 (podczas kilkugodzinnych meldowań w pozycji stojącej zwrócony do ściany był zmuszony do wyczekiwania jednocześnie przysłuchując się prowadzonym obok znęcaniom się nad innymi aresztowanymi). Skutki działań gestapowców na swoim zdrowiu fizycznym i psychicznym odczuwał w kolejnych latach.
Po tym jak u schyłku wojny w wyniku przejścia frontu wschodniego został wyzwolony Sanok, Wojenna Komendantura Miasta Sanoka (według różnych źródeł rozkaz wydał radziecki oficer Armii Czerwonej ppłk Fiodor Jarygin – dowódca 258 pułku 140 Syberyjskiej Dywizji Piechoty, który stanął na czele Wojennej Komendantury Miasta• lub płk Samojtow) mianowała Józefa Bubellę na stanowisko burmistrza miasta 10 sierpnia 1944•••Andrzej Brygidyn: W latach powojennych. Życie polityczne. Początek „nowego ładu”. [w:] Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, s. 755.•. Był on w tym czasie przedstawicielem stworzonego pod koniec lipca 1944 Komitetu Obywatelskiego, który skupiał działaczy przedwojennego Klubu Demokratycznego i funkcjonował w okresie walk o wyzwolenie miasta w 1944 aż do czasu wkroczenia radzieckich decydentów.