skierowanym do namiestnika Królestwa Polskiego, Iwana Paskiewicza zaproponowano, by Modzelewski, bez utraty praw stanu, został wcielony do rosyjskiego Korpusu Orenburskiego, feldmarszałek jednak odrzucił ten wniosekW.Śliwowska, Zesłańcy polscy w Imperium Rosyjskim w pierwszej połowie XIX w., Warszawa 1998, s.395.. Następnie skazany został na kolejne 15 lat ciężkich robót w twierdzy dyneburskiej. Wyrok ten został jednak zmniejszony na czteroletnie zesłanie na Syberię. Modzelewski trafił do Tiumeni w guberni tobolskiej. Na skutek amnestii został zwolniony i w lipcu 1858 roku wrócił do kraju. W latach 1860–1861 był członkiem Towarzystwa Rolniczego w okręgu radomskimRoczniki Gospodarstwa Krajowego, t.40, 1860, s.443..
Po wybuchu powstania styczniowego w 1863 roku Michał Modzelewski ponownie znalazł się w szeregach bojowników o niepodległość Polski. Rząd mianował go początkowo komisarzem województwa sandomierskiego, a niedługo potem naczelnikiem cywilnym tegoż województwa. Po klęsce powstania został natychmiast aresztowany i został ponownie wpisany na listę zesłańców syberyjskich. Jednak tuż przed odjazdem kibitek na wschód Modzelewski został niespodziewanie zatrzymany i jako obłożnie chory, umieszczony został w szpitalu. Był to skutek starań jego małżonki Euzebii Zborowskiej u pewnego polskiego pułkownika w służbie carskiej.