W 1914 roku w wyniku działań wojennych budynek ponownie uległ zniszczeniu; odbudowę ukończono w 1920 roku. W 1930 kościół został rozbudowany o nawy boczne oraz zakrystię od strony południowej według projektu Zdzisława Mączeńskiego. W latach 1958–1960 do świątyni od frontu została dostawiona niska wieża według projektu Antoniego Mazura, którą w latach 1997-2001 podwyższono i pokryto nowym hełmem według projektu architekta Ottona Schiera.
Kapituła i Lyceum Voynicianum W strukturach Kapituły byli prałaci, prepozyci, scholastycy, kustosze, dziekanie, kantorzy, archidiakonowie i kanclerze oprócz sześciu kanoników gremialnych. Mieli oni własny strój, własną pieczęć i własne domy w mieście. Jak pisze Dr. Banach, "często odgrywali znaczącą rolę w życiu diecezji krakowskiej i państwa polskiego. Wielu z nich posiadało stopnie naukowe i było profesorami uniwersyteckimi a także pełniło ważne urzędy. Wielu było oficjałami, notariuszami, sędziami i wizytatorami biskupimi. Kilku z nich było kapelanami królewskimi, referendarzami i kustoszami skarbca koronnego, a czterech kanoników było sekretarzami królewskimi".