Ostatecznie sprawę Kobryńskiej wyłączono do odrębnego postępowania przed sądem zwykłym, a pozostałych oskarżonych skazano na bezterminowe więzienie. W grudniu 1933 Sąd Okręgowy w Pińsku umorzył sprawę jej uczestnictwa w zajściach w Nowosiółkach i równocześnie skazał ją za działalność komunistyczną na 15 lat więzienia. W marcu 1934 Sąd Apelacyjny w Wilnie uchylił wyrok sądu okręgowego i wymierzył oskarżonej karę 10 lat więzienia i pozbawienia praw publicznych na ten sam okres. Karę odbywała w więzieniu w Fordonie, gdzie była członkiem komuny więziennej.
Po wybuchu II wojny światowej wydostała się z więzienia i dotarła do Warszawy. Po kapitulacji miasta znalazła się w Białymstoku. Tam działała w MOPR jako przewodnicząca Komitetu Obwodowego, była także członkiem Białostockiej Rady Obwodowej. Od 1941 w Mińsku, gdzie pracowała jako redaktor publikacji w języku polskim w Państwowym Wydawnictwie BSRR. Po ataku III Rzeszy na ZSRR wycofała się wraz z Armią Czerwoną do RSFSR. W tym czasie była obserwatorem prowadzonej w pośpiechu ewakuacji.