II wojna światowa Po rozpoczęciu niemieckiej inwazji brał udział w obronie stolicy. Po objęciu przez prezydenta Stefana Starzyńskiego funkcji Komisarza Cywilnego przy Dowództwie Obrony Warszawy Pohoski pełnił obowiązki prezydenta miasta (8–28 września 1939). 20 września 1939 generał Juliusz Rómmel powołał go również w skład Komitetu Obywatelskiego przy dowódcy Armii „Warszawa”. Był jednym z sygnatariuszy odezwy do ludności miasta, wystosowanej w związku z kapitulacją stolicy. Do chwili aresztowania Starzyńskiego (27 października 1939) pozostawał wiceprezydentem Warszawy. Przez kolejnych pięć miesięcy sprawował natomiast funkcję zastępcy komisarycznego burmistrza. Utrzymywał kontakty z dowódcą konspiracyjnej Służby Zwycięstwu Polski, generałem Michałem Karaszewicz-Tokarzewskim. Z jego inicjatywy powołano tzw. Komisję Rzeczoznawców Urbanistycznych, której zadaniem było przygotowanie planów odbudowy i rozbudowy stolicy po zakończeniu wojny. Mimo iż spodziewał się aresztowania, nie opuścił swojego stanowiska.