Ukończył Liceum im. Adama Mickiewicza na warszawskiej Pradze (matura w 1951) oraz studia na Wydziale Historycznym UW (tytuł magistra w 1955 z archeologii późnośredniowiecznej), po czym rozpoczął pracę w Instytucie Historii i Kultury Materialnej PAN, który później został przekształcony w Instytut Archeologii i Etnologii. Stopień naukowy doktora uzyskał w 1965, a habilitował się w 1980. Od 1979 był również profesorem na macierzystym wydziale w Instytucie Archeologii, gdzie wykładał do śmierci. 28 kwietnia 2000 otrzymał tytuł naukowy profesora nauk humanistycznych. W 2013 został mianowany kanclerzem pierwszej kapituły Orderu Krzyża Niepodległości. mały|323x323px|Grób profesora Jerzego Kruppé na cmentarzu Bródnowskim. Został redaktorem naczelnym czasopisma naukowego Studia i Materiały z Historii Kultury Materialnej, od 26 marca 2012 był członkiem Rady Naczelnej Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej.
Zmarł w Warszawie, pochowany na cmentarzu Bródnowskim (kwatera 24C-2-5).
Ordery i odznaczenia