Jako vloger publikował swoje filmy na portalu Boska.TV. Na podstawie rozmów z nim powstały książki Szału nie ma, jest rak (Więź, 2013), Życie na pełnej petardzie. Czyli wiara, polędwica i miłość (Wydawnictwo WAM, 2015), Dasz radę. Ostatnia rozmowa (Wydawnictwo WAM, 2016), Żyć aż do końca. Instrukcja obsługi choroby (Więź, 2017), Dekalog księdza Jana Kaczkowskiego (Wydawnictwo WAM, 2017). Autor książek Grunt pod nogami (Wydawnictwo WAM, 2016) i Ekskluzywny żebrak. Czyli ks. Jan Kaczkowski o tym co najważniejsze (zapis materiałów video, homilii i konferencji wygłoszonych przez księdza Kaczkowskiego; Wydawnictwo Unitas, 2016).
Od urodzenia miał lewostronny niedowład i dużą wadę wzroku. Zdiagnozowano u niego nowotwór nerki (wyleczony) i glejaka mózgu. Zmarł 28 marca 2016 w rodzinnym domu w Sopocie. Pochowany został 1 kwietnia 2016 na Cmentarzu Komunalnym w Sopocie.
Odznaczenia, wyróżnienia, upamiętnienie thumb|240px|Grób Jana Kaczkowskiego na Cmentarzu Komunalnym w Sopocie W 2012 prezydent RP Bronisław Komorowski nadał mu Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski.
Przyznano mu tytuł honorowego obywatela Pucka. W 2016 otrzymał Honorowe Wyróżnienie za Zasługi dla Województwa Pomorskiego.