Archiwum Archiwum bolońskiej inkwizycji zostało w dużej mierze zniszczone podczas rozruchów rewolucyjnych w 1797Tavuzzi, s. 33., jednak pomimo tego trybunał ten należy do stosunkowo nielicznego grona trybunałów włoskich, po których zachował się dość bogaty zasób dokumentacji, w tym dokumentacji procesowej i to obejmującej także okres średniowiecza. Zachowały się dwa zbiory dokumentacji procesowej z XIII i XIV wieku; pierwszy obejmuje lata 1291–1310Takie ramy chronologiczne zakreśla tytuł tego zbioru, aczkolwiek faktycznie tylko jedno postępowanie miało miejsce w roku 1291, a pozostałe w latach 1297–1309. Zbiór ten ma charakter tematyczny i nie dokumentuje całokształtu działań inkwizycji w tym okresie., drugi 1387–1392Del Col, s. 99.. Dla późniejszego okresu zachowały się dwie kolekcje dokumentacji. Pierwsza przechowywana jest w Biblioteca dell'Archiginnasio w Bolonii i zawiera 15 tomów akt procesowych, 30 tomów korespondencji z Kongregacją Świętego Oficjum oraz 34 tomy dokumentacji innego rodzaju.