W 2000 przy Oddziale Zbiorów Specjalnych powstała Galeria Akademicka. Swoją działalność zainaugurowała wystawą jubileuszową Barbary i Czesława Erberów. W 2001 biblioteka zaczęła udostępniać czasopisma elektroniczne przez Internet, następnie uruchomiono dwie pracownie multimedialne – w czytelni Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego oraz w Oddziale Informacji Naukowej. W 2002 włączono do struktury Biblioteki Głównej Czytelnię Neofilologiczną. W 2006 Akademia Świętokrzyska zakupiła ponad 5 tys. dokumentów po poecie i prozaiku Emilu Zegadłowiczu, które stały się pierwszą tak bogatą kolekcją rękopisów w zbiorach biblioteki.
W 2008 władze uczelni podjęły decyzję o budowie nowego gmachu biblioteki. Wybudowano go w 2010 (czerwiec-listopad). W 2011 Uniwersytet Humanistyczno-Przyrodniczy Jana Kochanowskiego w Kielcach przekształcił się w uniwersytet klasyczny. Biblioteka Główna stała się tym samym Biblioteką Uniwersytecką. 10 października 2013 otworzono oficjalnie nowy gmach biblioteki przy ówczesnej ul. Świętokrzyskiej (ob. Uniwersytecka). Na ostatnim piętrze budynku umieszczono Uniwersyteckie Centrum Danych, a cała inwestycja kosztowała ponad 65 mln zł.
Poza budynkiem głównym Biblioteki zbiory udostępniane są w Czytelni Pedagogicznej (agenda zewnętrzna Biblioteki) przy ulicy Krakowskiej 11.