Sekcja kobieca Klub posiadał również sekcję kobiecą, która istniała od 2012 do 2014 roku. W rozgrywkach I ligi drużyna opierała się na zespole Kusego Szczecin oraz zawodniczkach krajowych. Trenerem zespołu został doświadczony Krzysztof Koziorowicz. W 2013 roku zespół ten awansował do Basket Ligi Kobiet, klub zakontraktował nowe koszykarki w tym trzy Amerykanki: ReZina TecleMariam, Naketia Swanier, Jasmine Erving oraz polskie zawodniczki: Agnieszka Kaczmarczyk, Natalia Mrozińska, Martyna Cebulska, Julia Adamowicz.
29 marca 2014 drużyna rozegrała ostatnie spotkanie w Basket Ligi Kobiet w sezonie 2013/14 przegrywając z Energą Toruń 58:62. W sezonie 2013/2014 zespół zajął 6. pozycję. Po sezonie 2013/2014 drużyna kobieca została rozwiązana. W 2017 roku, po trzech latach przerwy, Wilczyce wróciły do ligowego grania w II lidze zachód, w grupie A.
W sezonie 2018/2019 drużyna ze względu na kwestie finansowe nie przystąpiła do rozgrywek I ligi co potwierdził w mediach prezes klubu Marek Żukowski.
Wilki Morskie 2018/2025 Kalendarium, wydarzenia (2018/2020)