W ciągu XIX wieku dom ulegał wielu zmianom. W wyniku rozszerzania się terenów miejskich Montrealu, część gruntów sprzedano na budowę domów. Szybki rozwój i urbanizacja dzielnicy Pointe-Saint-Charles, budowa linii kolejowej i utworzenie kanału Lachine (zob. Droga Wodna Świętego Wawrzyńca) spowodowały po roku 1850 powolną dezintegrację posiadłości.
Muzeum Idea utworzenia muzeum pojawiła się we wczesnych latach 60. XX wieku, przy okazji obchodów 300. rocznicy osiedlenia się w tym miejscu Małgorzaty Bourgeoys. Zbudowano w tym celu nowe pomieszczenia dla sióstr zakonnych, które miały nadzorować prace nad utworzeniem muzeum. Prace odbywały się pod nadzorem architekta Wiktora Depocas.
Budynek odrestaurowano, zachowując jego mury i odtwarzając warunki w jakich mieszkały siostry w XVII wieku. Odnowiono więc kuchnię, wspólny pokój, piwnice, kaplicę, sypialnie, pokój "córek królewskich" i poddasze. Wszystkie te pomieszczenia wyposażono w przedmioty codziennego użytku z epoki, odtwarzając atmosferę, jaka panowała w tym domu w XVII wieku.