Na zjeździe w Łodzi w 1946 roku wybrano go prezesem Rady Kościoła Chrześcijan Wiary Ewangelicznej.
Był rozpracowywany przez bezpiekę, w marcu 1950 roku Julia Brystiger uznała go za wroga Polski Ludowej, który zwalcza „demokratyczny kierunek” w Kościele.
We wrześniu 1950 roku został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa i więziony przez 6 miesięcy. W tym okresie zmienił swój stosunek do ZKE. Przed aresztowaniem był przeciwnikiem wejścia do ZKE, natomiast po wyjściu na wolność nakłaniał zbory KChWE do przystąpienia do ZKE, co też nastąpiło. W 1953 roku został duchownym i wiceprezesem Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego (reprezentował ugrupowanie Chrześcijan Wiary Ewangelicznej). Funkcję tę pełnił do roku 1958. Jako członek Zarządu prawie nigdy nie zabierał głosu na posiedzeniach Rady Kościoła.
W 1958 roku wystąpił z ZKE i odtąd prowadził działalność religijną odrębnie, a w jego domu odbywały się regularne nabożeństwa. Nigdy już nie powrócił w szeregi ZKE, w którym to kościele był odtąd na cenzurowanym. Pomimo tego w 1976Na początku 1975 z funkcji prezesa ZKE odsunięty został nieprzychylny Czerskiemu Stanisław Krakiewicz. roku w miesięczniku „Chrześcijanin” oficjalnie przyznano, że jest pionierem pentekostalizmu na ziemiach polskich.