Przełomowe znaczenie miało również odkrycie, że zaprogramowana śmierć komórek jest procesem, zachodzącym w czasie naturalnego rozwoju organizmów (zob. apoptoza, syndaktylia). Odkrycie zostało opublikowane w roku 1966 w Science, w artykule pt. Death in Embryonic SystemsW roku 2002 za badania dotyczące zaprogramowanej śmierci komórek Sydney Brenner, H. Robert Horvitz i John E. Sulston otrzymali Nagrody Nobla w dziedzinie fizjologii lub medycyny..
Praca dydaktyczna Jako nauczyciel akademicki John Saunders preferował nauczanie indywidualne. Potrafił zainteresować młodzież w każdym wieku, zarażając ich własnym entuzjazmem do biologii rozwojowej. W czasie pracy w Marquette University wprowadził istotne zmiany programów nauczania na studiach licencjackich – do tradycyjnych programów botaniki i zoologii wprowadził zagadnienia z dziedziny genetyki, embriologii doświadczalnej, immumologii i ekologii.
Publikacje (wybór) John W. Saunders opublikował m.in. książki: Animal Morphogenesis, New York: Macmillan, 1968 Patterns and Principles of Animal Development, New York: Macmillan, 1970 Developmental Biology: Patterns, Problems, and Principles, New York: Macmillan, 1982 oraz liczne artykuły naukowe w prestiżowych czasopismach, w tym m.in.