Od 1880 zapadał coraz bardziej na astmę.
W 1887 przeszedł w stan spoczynku w stopniu radcy stanu i nadal pozostawał w Charkowie. Na kilka miesięcy przed śmiercią przeniósł się do Odessy, a następnie do Korsunia, gdzie zmarł na astmę 20 marca 1888. W ramach Polskiej Akademii Umiejętności założył fundację dla biednych literatów i ich rodzin.
Twórczość Liwski nie pozostawił po sobie żadnej większej pracy drukiem. Pisał natomiast liczne mniejsze artykuły, często o charakterze przyczynkarskim, które publikował w czasopismach warszawskich i lwowskich pod różnymi pseudonimami. Najdłużej współpracował z Dziennikiem Warszawskim. Oprócz artykułów historycznych publikował informacje bieżące z życia Ukrainy. Pisał też krótkie monografie słownikowe miejscowości ukraińskich, które przygotowywał na zlecenie Słownika geograficznego Królestwa Polskiego. W rękopisie pozostawił kilkanaście biografii związanych z kijowskim i charkowskim środowiskiem naukowym, a także Opis geograficzno-historyczny Wołynia i Podróż po Ukrainie (prace o charakterze wspomnieniowym).
Bibliografia Kazimierz Dziwik, Edmund Liwski 1817–1888 – historyk i pedagog, „Rocznik Biblioteki Polskiej Akademii Nauk w Krakowie”, rok XVI, 1970, Ossolineum, 1971, s.