Biblioteka posiada osobną czytelnię wyposażoną w księgozbiór podręczny (encyklopedie, słowniki, katalogi, wydawnictwa źródłowe). Mogą z niej korzystać wszyscy badacze przygotowujący prace naukowe. Księgozbiór liczy ponad 35 tysięcy woluminów.
Najcenniejsze rękopisy i starodruki Ośrodek przechowuje bezcenne dla polskiej kultury zabytki pochodzące z darów dla Jana Pawła II. Wśród nich na uwagę zasługują m.in.: dwa oryginalne listy króla Jana III Sobieskiego, list królowej Marii Kazimiery oraz inne listy królewskie. Do szczególnie cennych rękopisów należy jedyny zachowany autograf-brulion wiersza Norwida poświęcony papieżowi Piusowi IX (dar prof. Juliusza Wiktora Gomulickiego) oraz zaginiona karta rękopisu Pana Tadeusza Adama Mickiewicza, którą przechowywał w swoich zbiorach Ignacy Domeyko.
Do najcenniejszych starodruków należą Biblia hebrajska z 1543 oraz drugie wydanie Nowego Testamentu w przekładzie ks. Jakuba Wujka z 1594.
Zbiory audiowizualne thumb|Zbiory fonoteczne Ośrodka Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Ośrodek przechowuje zbiory audiowizualne.