Prezydent Bernardino Machado 31 maja powierzył mu funkcję premiera, a następnie złożył swój urząd. Mendes Cabeçadas uważał, że możliwe jest ograniczenie władzy dotychczas rządzącej Partii Demokratycznej przy zachowaniu dotychczasowego porządku konstytucyjnego, co zostało źle przyjęte przez pozostałych rewolucjonistów z Gomesem da Costą i Óscarem Carmoną na czele. Mendes Cabeçadas został zmuszony do ustąpienia ze stanowiska 19 czerwca 1926 r., zrzekając się urzędów na rzecz Gomesa da Costy. W latach 1926–1930 (do czasów rządów Unii Narodowej) był równocześnie ministrem wielu urzędów m.in. sprawiedliwości, obrony, marynarki, rolnictwa, kolonii i spraw zagranicznych.
W czasie rządów autorytarnego reżimu Nowego Państwa (port. Estado Novo) António de Oliveira Salazara uczestniczył w działaniach opozycji, podpisał także wiele listów protestacyjnych i manifestów przeciwko dyktaturze. W 1947 r. uwięziono go pod zarzutem spisku przeciw rządowi.
Był żonaty z Marią das Dores Formosinho Vieira, z którą miał cztery córki.