Na początku 1943 Bürkl był mniej aktywny na Pawiaku, ponieważ brał czynny udział w pacyfikacji getta warszawskiego. Jego powrót na Pawiak latem 1943 i wznowienie zbrodniczej działalności wobec więźniów spowodowało zwrócenie na niego uwagi przez więzienną komórkę ruchu oporu i przekazanie informacji o nim do Komendy Głównej AK. KG AK podjęła decyzję o usunięciu jednostek najbardziej szkodliwych dla Polaków, a jako pierwszy miał zostać zlikwidowany Bürkl. Do wykonania zadania wytypowano oddział „Agat”. Miała to być pierwsza specjalna operacja bojowa przeprowadzona przez oddział.
Rozkaz szczegółowego rozpracowania Franza Bürkla otrzymał Aleksander Kunicki „Rayski”, szef komórki wywiadu oddziału „Agat”. Nie dysponował on rysopisem gestapowca, dlatego pierwszym jego zadaniem było ustalenie jak wygląda człowiek, który miał zostać usunięty. „Rayski” skontaktował się w tej sprawie z Ewą Prauss-Płoską „Ewą”, której matka i dwie siostry były więźniarkami Pawiaka, gdzie współpracowały z więzienną komórką ruchu oporu. Kiedy przy pomocy „Ewy” nie udało się zidentyfikować Bürkla „Rayski” zaczął obserwować bramę wjazdową do getta przy ul. Karmelickiej, skąd wiodła droga na Pawiak.