Gwałtowne topnienie śniegów wiosną, a w okresach letnich wzmożone opady i ulewne deszcze, które, należą do częstych zjawisk sprawiają wezbrania wody i podmoknięcia naturalnych terenów zalewowych. Rzeka nie stwarza zagrożenia powodziowego obiektom budowlanym i ludności. Baczyna w większości swojego biegu przepływa przez tereny rolnicze. W środkowym i dolnym biegu jest uregulowana, posiada koryto o przeciętnej szerokości 2,0 m i głębokości dochodzącej miejscami do 1,5 m. Na całej długości rzeka narażona jest na obszarowe spływy zanieczyszczeń z jej zlewni.
Fauna Baczyna jest rzeką mało zasobną w ryby.
Walory przyrodnicze Obszar wzdłuż koryta rzeki zachował półnaturalny charakter, dzięki czemu występują zbiorowiska różnorodnych siedlisk, od leśnych po łąkowe, suche i wilgotne z cennymi gatunkami roślin i zwierząt. Przy brzegach Baczyny i jej dopływów, na południe od Starego Lubina pomiędzy Krzeczynem a elektrociepłownią, położone są najlepiej zachowane fragmenty wilgotnych łąk a na wschód od Krzeczyna wzdłuż koryta rzeki zachowały się niewielkie fragmenty lasów olesowych i łęgowych, w których występuje wiele chronionych gatunków roślin i zwierząt. Oprócz ekosystemów leśnych występują ekosystemy, które wytworzyły się w wyniku prowadzonej dawniej, a obecnie zaniechanej, gospodarki rolnej.