W 1928 została aresztowana po raz drugi i spędziła w więzieniu siedem tygodni. Skazana na zesłanie, została ostatecznie zwolniona z powodu podeszłego wieku. Dwa kolejne lata spędziła w powiecie połtawskim, po czym wróciła w 1930 do Irpienia i ponownie zaczęła kierować tajną żeńską wspólnotą mniszą. Została aresztowana po raz trzeci w październiku kolejnego roku. Uznano ją za winną prowadzenia agitacji antyradzieckiej i aktywnego uczestnictwa w ogólnokrajowej cerkiewno-monarchistycznej organizacji kontrrewolucyjnej; postanowiono jednak, że zostanie zwolniona i jedynie pozbawiona prawa pobytu w 12 wybranych miastach ZSRR w ciągu najbliższych trzech lat. Zamieszkała w Putywlu. Bezskutecznie prosiła o prawo powrotu do Irpienia, wskazując na swój podeszły wiek. Ostatecznie w 1933 nielegalnie wróciła do poprzedniego miejsca zamieszkania. W 1934 w Kijowie złożyła śluby mnisze wielkiej schimy przed biskupem głuchowskim Damaskinem. Prawdopodobnie po tym wydarzeniu ponownie stanęła na czele tajnego klasztoru w Irpieniu, który istniał do 1937, kiedy aresztowane i zesłane na jedną z wysp w pobliżu Kamczatki zostały wszystkie mniszki. Schiihumenia Zofia nie przebywała wówczas razem ze wspólnotą i uniknęła uwięzienia.